挑戰一，缺乏強有力的督察系統。未來移民署官員身負移民事務存在類似警察機關的執法功能，卻未設有督察系統。特別是，不久前境管局才發生風紀案件，讓人憂慮未來移民署可能因缺乏內控機制，導致勤務鬆弛或風紀問題的發生。

例如，約十年前縣市消防局從警察局獨立後，亦曾因為缺乏督察系統的監督，存在勤務運作較為鬆散的情形。雖然消防體系已意識到督察系統的重要性，卻因早期規劃時缺乏思考而喪失先機。問題在於，增設督察系統牽涉組織編制以及工作職位調整的問題，不是移民署所能解決。因此，如何在缺乏督察系統下，加強內部控制機制，是移民署的挑戰之一。

　　挑戰二，來自人權團體的壓力。由於移民政策所涉及面談、調查、核淮、監督、管理等議題，都與敏感的人權議題有關。因此，關於移民署制定的移民政策，經常成為人權團體或非政府組織關切的焦點。

 　　例如，面談機制設計過程，包括面談的方法（境內vs.境外）、面談的問題（是否涉及隱私），以及後續之監督與住居管理，甚至遣送與關懷協助受害人等，是否有人（特別是新移民）因此受不平等待遇、遭歧視、獲得應有之協助等，都有來自很多人權團體的協助、監督與關心。所以政府如何回應人權團體與相關非政府組織的壓力與需求，是移民署挑戰之二。

    挑戰三，人口販運的問題必須解決。根據媒體報導，今年美國國務院的人口販運報告，將台灣降為第二級觀察名單。這是繼去年美國人口販運報告將台灣評等，從原先第一級（符合最低標準）降為第二級（未符最低標準，但正努力達成最低標準），今年評等再降。顯示台灣人口販運問題嚴重。

　　因此今年十二月八日早上，美國在台協會還針對台灣人口販運問題，邀請相關專家舉辦了一場同時在華盛頓、台北、高雄等地現場連線的視訊會議。行政院也刻正進行跨部會協調，並制定打擊人口販運行動方案，可以說，台灣人口販運的問題已經國際化，來自美國或國際社會的壓力將有增無減，這是移民署的挑戰之三。

　　挑戰四，組織間的協調聯繫。由於移民政策與人口販運議題，至少牽涉警政（內政部）、國際事務（外交部）、勞工事務（勞委會）、偵查起訴與判決（司法部門）人權團體等機關，這些議題都不是移民署單獨能夠解決。特別在執法過程仍必須與警察機關、地檢署保持緊密聯繫，但針對相關的執法事務如何分工（切割）與整合（合作），仍有很長的路要走。

　　例如，約十年前消防事務從警察系統獨立初期，許多第一執法警察的想法是，消防已經不屬於警察業務，所以不願插手，因此警消分立反而造成消防救災能力下降。所以，組織間的協調聯繫（特別是與檢警之間合作機制的建立），是移民署的挑戰之四。

　　挑戰五，組織內部的整合。由於新成立的移民署，將有移撥自警政署、境管局、航警局、港務局、僑委會、內政部戶政司、地方政府警察局等各機關人員。由於各機關的組織文化、運作方式、人員培訓都存在差異，因此存在組織內部整合的問題。例如過去海巡署成立之初，就立即面對來自軍、警、海關整合困難的問題，後來在王郡署長任內執行「同心專案」，組織內部整合才漸有起色。因此，可以預見組織內部整合是移民署的挑戰之五。

　　　綜言之，移民署面臨前述的挑戰，不僅要建立內部共識，還得要有來自組織外部的支持。這不僅是新任移民署長的課題，也是所有政府部門，甚至全民都應該關切的議題。